Although it's all in Japanese, here's a site on Japanese word etymology:

http://gogen-allguide.com/

The entry on もったいない is as follows. I can't really make out much other than basic facts (such as 「勿体」 originally being written as 「物体」).

もったいないは、和製漢語「勿体（もったい）」を「無し」で否定した語。
勿体の「重々しさ」「威厳さ」などの意味から、もったいないは「妥当でない」「不届きだ」といった意味で用いられていた。

転じて、「自分には不相応である」、「ありがたい」「粗末に扱われて惜しい」など、もったいないの持つ意味は広がっていった。

また、「勿体」は本来「物体」と書き、「もったい」と読むのは呉音。
「物の形」「物のあるべき姿」から派生し、「重要な部分」「本質的なもの」となった。

さらに、重々しい態度などの意味に派生し、意味が離れてきたため「物」が省略され、「勿」という表記で和製漢語の「勿体」が生まれたとされる。

これらの経緯から、「惜しい」といった意味で用いられる「もったいない」は、「本来あるべき物がない」と原義に戻ったようにも思えるが、「もったいないおばけが出るぞ」など言われるように、「神聖な物」「重要な物」を粗末にする意味が含まれるため、「勿体」の意味が転じた流れによるものと考えられる。

Thanks, everyone!

Yeah, well, this clarifies it a bit... Haven't used 語源 yet. Those seem pretty interesting...