あなた 貴方 {ir.} 貴男 貴女 <-- does anyone know the differences?
この 斯の 此の <-- does anyone know the differences?
その 其の
あの 彼の
どの 何の
これ 之 之れ 惟 此れ <-- does anyone know the differences?
それ 其れ
あれ 彼
どれ 何れ
こちら 此方
そちら 其方
あちら 彼方 <-- it should be this Kanji, but I can’t write it with IME, why?
どちら <-- found no Kanji, it should be 何方, or not?
ここ 此処 此所
そこ 其処
あこ 彼処 彼所
どこ 何処 何所 <-- does anyone know the differences between ...処 and ...所?
だれ 誰
どなた 何方
どう 如何 <-- could also meaning いかが
いくら 幾ら
いつ 何時 <-- could also meaning なんじ or なんどき (but should only used for なんじ)
いる 居る
ある 或る (= 'a certain' or 'some)
在る (for existence)
有る (for Possession)
なる 成る 為る
する 為る <-- it should be this Kanji, but I can’t write it with IME, why?
まだ 未だ
また 又 復 亦 <-- does anyone know the differences?
あまり 余り
かなり 可成 可也 <-- does anyone know the differences?
とても 迚も <-- cannot write it with IME, why?
たくさん 沢山
きれい 綺麗 奇麗 <-- does anyone know the differences?
すみません 済みません
おはよう 御早う
おやすみなさい 御休みなさい
さようなら 左様なら
ありがとう 有難う
ございます 御座居ます
どういたしまして 如何致しまして
ごめん 御免
EDIT: made some parts bold, after answer from Aijin
この 斯の 此の <-- does anyone know the differences?
その 其の
あの 彼の
どの 何の
これ 之 之れ 惟 此れ <-- does anyone know the differences?
それ 其れ
あれ 彼
どれ 何れ
こちら 此方
そちら 其方
あちら 彼方 <-- it should be this Kanji, but I can’t write it with IME, why?
どちら <-- found no Kanji, it should be 何方, or not?
ここ 此処 此所
そこ 其処
あこ 彼処 彼所
どこ 何処 何所 <-- does anyone know the differences between ...処 and ...所?
だれ 誰
どなた 何方
どう 如何 <-- could also meaning いかが
いくら 幾ら
いつ 何時 <-- could also meaning なんじ or なんどき (but should only used for なんじ)
いる 居る
ある 或る (= 'a certain' or 'some)
在る (for existence)
有る (for Possession)
なる 成る 為る
する 為る <-- it should be this Kanji, but I can’t write it with IME, why?
まだ 未だ
また 又 復 亦 <-- does anyone know the differences?
あまり 余り
かなり 可成 可也 <-- does anyone know the differences?
とても 迚も <-- cannot write it with IME, why?
たくさん 沢山
きれい 綺麗 奇麗 <-- does anyone know the differences?
すみません 済みません
おはよう 御早う
おやすみなさい 御休みなさい
さようなら 左様なら
ありがとう 有難う
ございます 御座居ます
どういたしまして 如何致しまして
ごめん 御免
EDIT: made some parts bold, after answer from Aijin
Edited: 2009-06-21, 2:30 pm

沢山 or 余り for example.

but that doesn't mean they weren't in use/aren't words (bad example, since 御茶 isn't Middle Japanese, but you get the idea)