水面 = すいめん・みなも
大勢 = おおぜい・たいぜい・たいせい (the latter with a different meaning ffs)
女神 = めがみ・じょしん
女将 = おかみ・じょしょう
谷間 = たにま・たにあい
oh wait I better stop
Update:
Did a count of readings of entries in JMdict with a single kanji-only writing of length > 1.
Note that this excludes writings that occur in multiple entries, e.g 私語 = しご (the only reading I knew) isn't listed below because it's a separate entry.
1 reading: 79340
2 readings: 2858
3 readings: 337
4 readings: 65
5 readings: 14
逸物:いちもつ, いつぶつ, いちぶつ, いつもつ, いちもち
黒子:ほくろ, こくし, ははくそ, ははくろ, ほくそ
祖母:そぼ, ばば, おおば, おば, うば
商人:しょうにん, あきんど, あきうど, あきゅうど, あきびと
内海:うちうみ, うちかい, うちのみ, うつみ, ないかい
赤口:しゃっこう, しゃっく, じゃっく, じゃっこう, せきぐち
汚穢:おわい, おあい, あえ, わえ, おかい
国人:こくじん, くにびと, こくにん, くにうど, くにゅうど
盛者:しょうじゃ, じょうしゃ, しょうしゃ, せいしゃ, せいじゃ
陰陽師:おんみょうじ, おんようじ, おみょうじ, おんにょうし, いんようし
初冠:ういこうぶり, ういかぶり, ういかむり, ういかんむり, しょかん
雅楽寮:ががくりょう, うたりょう, うたづかさ, うたつかさ, うたのつかさ
稲架:はさ, はざ, はせ, はぜ, とうか
蓮葉:はすは, はすば, はすわ, はちすば, はちすは
6 readings: 3
祖父:そふ, じじ, じい, おおじ, おじ, そぶ
父母:ふぼ, ちちはは, ててはは, かぞいろは, ぶも, かぞいろ
私語:ささめき, ささめごと, さざめごと, ささめきごと, ささめ, さざめ
8 readings: 1
太政大臣:だいじょうだいじん, だじょうだいじん, おおきおおいどの, おおきおおいもうちぎみ, おおきおとど, おおきまつりごとのおおまえつぎみ, おおまつりごとのおおまえつぎみ, おおいまつりごとのおおまえつぎみ
9 readings: 1
乳母:うば, めのと, おんば, にゅうぼ, ちうば, ちおも, ちも, にゅうも, まま